A Quinta da Comenda dispõe de 5 quartos duplos com banho privativo, que se localizam em casas independentes junto ao edifício principal. Numa das casas, Casa da Bica, localizam-se dois dos quartos e na outra, Casa da Fonte, os restantes três.
Para além destes 5 quartos, existe igualmente uma casa T1, Casa do Vale, situada a cerca de 200 m do edifício principal.